牡丹社事件是指1874年日本对中国台湾武装入侵的历史事件。
1871年，琉球王国船民在台湾南部恒春镇地区遇难，其中部分人员被当地原住民杀害。日本借此事件，于1872年强行将琉球改制为藩属，并聘美国前驻厦门市领事李仙得为顾问，秘密策划侵台。1873年，日本派副岛种臣来华互换条约，套取清廷对于台湾、朝鲜的态度。1874年，日本政府设立“台湾蕃地事务局”，任命西乡从道为台湾蕃地事务都督，于5月率兵在台湾瑯峤登陆，进攻牡丹乡等部落，并在龟山等地建立营房，意图久踞。清政府获悉后，任命沈葆桢为钦差大臣，率军赴台布防，同时调遣淮军精锐增援，在军事上形成对峙。外交方面，日本先后派遣柳原前光、大久保利通来华谈判，双方就台湾“番地”主权及赔偿问题激烈争执，谈判一度陷入僵局。最终在英国公使威妥玛调停下，中日双方于1874年10月31日签订《中日台湾事件专条》，中国以抚恤及补贴日本修路建房等名目支付白银50万两。同年12月20日，日军全部撤离台湾，事件告终。
事件背景
明太祖统一中国后，从洪武初年起便派遣使者招抚琉球，琉球中山王察度随即归顺中国。永乐二年，他的儿子武宁继承王位，接受明成祖的册封。此后，琉球一直奉行明朝历法，学习明朝制度，并每两年向明朝进贡一次。每当新王即位，琉球都会请求册封，而中国也必定派遣使者前往册封，双方形成了稳定的宗藩关系。到了清代，除了延续明朝的惯例之外，还在福州设立了琉球馆，作为琉球贡使的住所。
同治十年，琉球宫古岛太平山和八重山岛的岛民分别乘坐两艘船，装载当地特产，前往中山府进贡。事情结束后，他们于十月二十九日从中山府启程返回，却在十一月初一晚上突然遭遇飓风，船帆和桅杆折断，船只随风漂流。其中，太平山的一艘船顺利返回故乡，八重山的一艘船下落不明，另一艘八重山的船则在十一月十二日漂到台湾外海的一座小岛，被当地民众救起。船上的头目松火著、夷官马依德以及随从、舵手、水手等共44人上岸，经打狗港的李成忠用船接回，送往凤山县衙门，再转送至台湾府。后来同船又有两人获救，也被送到台湾府，由官府提供衣食和银钱。其中一名叫木森宣忠的因病去世，台湾府为其准备了棺木安葬。
另一艘太平山的船在十一月六日漂到台湾东南岸的八瑶湾，触礁破损。船上共69人，其中3人溺水身亡，其余66人游泳上岸。他们为寻找人家而在附近徘徊，正好遇见当地两人，被告知如果往西走会遇到“大耳人”，可能被害，于是那两人带他们向南走。因为天色已晚，且离人家还很远，那两人便指了路旁的岩洞让他们暂住。琉球王国漂民没有听从，反而怀疑这两人是盗贼，觉得让他们向南走可能有诈，于是告别两人，自行转向西行，深夜时在路旁的小山休息。七日，他们继续赶路，忽然看见南山旁有十五六户人家，住着男女居民，其中有人耳朵粗大下垂至肩，这里就是高士佛社。社民用小贝壳盛饭给66人吃，当晚他们便住在这个社里。半夜，有一人左手持火把，右手拿刀，推门进来，剥走两人的内衣后离开。八日早晨，该社的五六个男子各自带着小枪，来告诉琉球漂民说他们要去打猎，让漂民等他们回来。漂民见这些人行为怪异，心生恐惧，便两三人一伙分散逃出。在离社大约一里处会合，并在小溪旁暂时休息。此时看到有七八个男女跟踪追来，大家又涉水逃跑。看见路旁有五六户人家，其中有一位叫刘天保（字老仙）的老翁，是广东省籍，在此地与土著居民进行贸易。琉球王国漂民便上前求救。刘天保一面带他们进屋，一面与追来的社民交涉。不料追来的人越聚越多，将漂民团团围住，拔刀呼喊，剥取漂民的衣服饰品，并分批将漂民带出门外。突然，一个人裸身跑回来，说其他人都被杀了！漂民们听后非常惊恐，四处逃散，其中仲本、岛袋等9人躲藏在刘天保家中，幸免于难。九日，刘天保的女婿来告知这里非常危险，不能久留，于是带着这9人前往自己家。他的父亲杨友旺是保力庄的庄主，便带着儿子阿告、阿和以及刘天保进入石门，来到双溪口漂民遇害的地方，看到许多无头尸体，得知是牡丹社人所杀。这时又有两名漂民从树林中拼命跑出来求救。当时牡丹社的人追来还想加害，刘天保、杨友旺等人尽力劝解，并用番银以及酒、牛、猪、布等物品作为交换，救下了这两人。加上之前幸存的9人，一共救出11人。后来听说还有一人被高士佛社的人掳走未死，杨氏兄弟等人又前往该社，用酒食等物品将其赎回。他们还用酒、肉、布等换回了被害者的头颅，将头颅与尸体合葬在双溪口边。为了救出这些琉球王国漂民，杨友旺等人共支付给社民番银四十多元、酒十瓮、水牛一头、猪数头、布十多匹。
获救的琉球漂民在杨家居留了四十多天，十二月二十二日由杨氏兄弟等人护送离开保力庄，于二十六日抵达凤山县衙署，得到官方的接待，每人获发一件棉衣。二十九日，又由衙役护送至台湾府城，与先前获救的八重山漂民会合。漂民中署名为张谢敦、充得秀的两人还向台湾地方官员递交了陈情书，报告海难、遇害及获救的经过，请求安排船只送他们到福建省的琉球馆，以便早日回国。
同治十一年正月十日，这两批获救的琉球王国漂民由官役护送，乘轮船离开台湾，十六日抵达福州市，入住琉球驿馆，得到妥善照顾。福州将军兼署理闽浙总督费莫·文煜、福建巡抚王凯泰将事件经过详细上奏朝廷，奏折中说：“查琉球国世代作为外藩，十分恭顺。这些琉球人在海上遭风遇难，还有同伴被生番杀害多人，情况可怜。应从安排入住驿馆之日起，每人每日发给米一升、盐菜银六厘。回国之日另发给一个月口粮，照例加赏物品，折价发放，从存公银内支取，一并造册报销。难民的船只已倾覆破碎无存，待有琉球王国便船时，即令他们搭乘回国。至于牡丹社生番见人就杀，仍处于化外状态，现命令台湾镇、道、府认真查办，以惩戒强暴、显示朝廷怀柔远人之意。”
当年六月初二日，获救的琉球船民趁顺信风搭船从福州市起航回国，于六月七日抵达那霸市。
事件经过
日本侵略台湾的策划与准备
琉球虽然在明朝永乐年间就与中国建立了封贡关系，但到万历三十七年（1609年），日本萨摩藩主岛津久义发动“庆长之役”，入侵琉球，俘虏其国王尚宁王，并开始干涉琉球财政，规定琉球世子年满十五岁必须前往鹿儿岛县游历，同时从琉球与中国的朝贡贸易中获取利益。因此，琉球王国与日本的关系虽不如中国长久深厚，但也长期受到日本的影响和控制，形成一种“两属”的局面。明治维新后，日本推行“版籍奉还”与“废藩置县”，将琉球划归鹿儿岛县管辖，并派遣日本官吏进行管理。
同治十一年（1872年）七月，琉球船民在台湾遇害的消息传到日本。鹿儿岛县参事大山纲良于当月二十八日向日本政府提交意见书，主张应向台湾“兴问罪之师”，“直捣其巢穴，歼灭首领，上则扬国威于海外，下则慰藉遇难岛民之冤魂”。当地原萨摩藩出身的武士、熊本镇台鹿儿岛县分营营长桦山资纪得知消息后，也立即赶往东京，向参议西乡隆盛、其弟陆军省少辅西乡从道以及副岛种臣等人游说，建议出兵台湾。
早在1850年代末第二次鸦片战争期间，英法联军侵略中国之时，鹿儿岛市藩主岛津齐彬就曾企图趁乱谋利，提出占据福州市和台湾的主张。他表示，法国已在中国得逞，可能转而东进，日本应先发制人。他认为，从当前形势看，应出兵夺取清朝一省，在东亚大陆建立根基，对内增强日本势力，对外向世界彰显武力，这样即使英法强横，或许也不敢干涉。在清朝沿海各地中，对日本国防最重要的是福州，若取而代之，对国防极为有利。他还强调，早日取得福州、台湾及朝鲜，以强化日本国防，是当前要务。
此外，思想家吉田松阴在其著作《幽囚录》中论述保卫日本之策时，也明确提出对外扩张的目标，主张在整备军力后，应开拓虾夷共和国（北海道），趁机夺取堪察加边疆区、鄂霍次克；令琉球王国朝觐进贡，视同国内诸侯；责令朝鲜像古代那样纳质奉贡。并计划向北割取满洲之地，向南收取台湾、吕宋诸岛，逐步展现进取之势。因此，琉球船民在台湾遇害的事件，对日本来说无疑是一个很好的借口。外务卿副岛种臣赞同派出“问罪之师”，出兵台湾。日本政府随即开始为此进行一系列策划和准备。
实施“琉球处分”方案，为出兵台湾制造借口
近代以来，琉球虽然为鹿儿岛县所控制，但仍与中国保持宗藩关系。为了切断中琉宗藩关系，副岛种臣拟定了“处理琉球王国之三条”，实行吞并琉球的计划。同治十一年八月十二日（1872年9月14日），日本天皇利用琉球伊江王子尚健赴东京晋见并呈递奏文和贡品的机会，册封琉球国王尚泰为日本的藩王，并将其列入华族。琉球王被剥夺王号，降格为与日本旧藩主同等的华族身份，这是日本实施“琉球处分”的第一步。
副岛种臣又继续提出“对琉球藩王具体五条”，包括赏赐尚泰三万日元、贵族衣冠、东京宅邸等。接着在琉球设立外务省那霸分部，派遣四名外交官常驻，代办一切外交事宜。同时照会各国公使，声称琉球王国已归日本，并将琉球与美国、法国、荷兰所订的条约改为日美、日法、日荷条约。这既是日本吞并琉球的开端，也是其以保护本国人民为借口出兵台湾计划的第一步。
高薪延聘李仙得作为侵台帮手
日本虽决定出兵，却苦于对台湾情况了解有限。外务卿副岛种臣得知美国海军曾与台湾原住民作战，便向美国驻日公使德朗查询经过，并商借美国海军拥有的台湾内山及港湾地图。
当时，美国驻厦门市领事李仙得因与美国驻华公使镂斐迪意见不合，请假回国，途经日本。他携带有完整的台湾地图、照片及多种相关资料。德朗正为无法满足日本人的要求而苦恼，闻讯后非常兴奋。李仙得透露，他吕振羽原住民头目订有救护遇难美商船员的协定，对方一直守约，同时中美之间关于台湾的谈判尚无结果。他表示，如果日本采取行动，也可以从原住民方面取得类似保证。德朗认为李仙得愿意协助，正好借此为日本政府提供详细情报，以增进美日关系和美国的利益，因而要求李仙得暂留日本，并于九月二十三日（10月24日）将其推荐给副岛种臣。
副岛种臣听了介绍后如获至宝，次日便在横滨市接见李仙得，德朗及其秘书等人也在场。副岛就台湾原住民地区形势、各社人口数目及相互关系、原住民对中国政府的态度、台湾要地、港口及附近岛屿概况以至物产产销情形等问题，向李仙得做了深入询问。李仙得一一答复并提出建议，要点如下：
1.中国政府无力过问原住民的行为及部落内部事务。此次琉球人被杀，传闻中国政府曾下令惩办凶手，但地方官畏惧原住民凶悍，不敢采取行动。
2.台湾内山十八社头目卓杞笃等人此前曾协议救助遇难外国船员，但不包括中国人在内。此次琉球王国船民被害，实因其容貌与中国人相似，导致原住民误会。
3.美国船员被害之处，中国政府虽认为归其管辖，但实为王化不及之地。该处土地和人民本属善良，如经适当交涉，由美国人居住，中国人未尝不可退出。
4.美国船员被害案办结时，中国曾在台湾南端设立炮台，留兵守卫以救护遇难船员，但数月后即废弃，仅答应在原处建灯塔，也一直未实行。
5.此次琉球人被害，目前的处理办法应是先请台湾官府建立灯塔并实施保护。如不照办，美国并不想取得该地，日本政府如有意统辖，可与中国政府交涉，直接在该处建立炮台，派兵守卫，自行保护遇难船员。
对于李仙得提供的资料及建议，副岛种臣喜出望外。据日本外务少丞郑永宁所撰《副岛大使适清概略》记载，副岛对于这次会谈的感想是“共话半日，而相见恨晚！”
九月二十六日（10月27日），副岛再度与李仙得会晤。李仙得进一步指出，台湾官府建立灯塔的计划似乎已无下文，全岛各地驻军稀少，往往有额无兵。岛上居民约两百万，海关收入可观。在副岛的要求下，李仙得又提出几点建议：
第一，此次琉球人在台湾被害，日本可与闽浙总督等交涉，声明出事地点未建炮台灯塔，中国政府未尽到保护责任。依据万国公法，日本政府可自行修筑保护，但应立约为据，以免中国政府反悔。
第二，中国遇外国诘问时，常视台湾为化外之地，其归属究属何国管辖，实有问题。日本作为亚洲国家，如欲占领台湾，他愿尽力协助。且中国在台防卫力量薄弱，只需两千兵力即可攻取。
第三，日本如因出兵台湾与中国决裂，并非善策。但既已依万国公法商请中国政府保护而未能办到，日本自行设法保护乃理所当然。且此一地区迟早必须开发，终将为人所取。
日本早有侵台野心，德朗、李仙得力劝日本攻略台湾，正中副岛下怀。副岛以上宾之礼对待李仙得。此后，副岛与德朗、李仙得不断会谈，随着了解愈益详尽，日本对中国大陆、朝鲜和台湾的企图也日趋成熟。日本方面自认为：
对外而言：第一，中国虽视琉球王国为藩属，但日本已实行兼并，不再容忍中国此种态度；第二，依李仙得情报，台湾分为生番、熟番和华人区，中国只能统辖一部分且防卫薄弱；第三，琉球人遇害之地不属中国管辖，日本可以少数兵力攻取，占领后即难被驱离；第四，台湾地理位置重要，可控制中国海和日本海的入口，是日本亟欲占领的目标；第五，朝鲜曾向日本入贡，近年行为无礼，日本决定予以惩罚；第六，中日条约未经批准互换，而中国朝廷拒绝外使觐见，此问题必须解决，否则应停止邦交或进行战争。
对内而言：日本认为中国国力不及日本，维新后日本兵额庞大，军备优良，官兵急于通过作战表现能力。日本政府认为，与其让出身各藩的军人在国内滋事，不如让他们到中国、朝鲜或台湾作战。这样既可解决琉球王国问题、取得台湾、打击中国，又可博得人民信任，平息内部纷争，一举多得。
然而，对外战争并非易事。德朗与李仙得建议在动武前先尽外交努力，以便有所借口，日本政府予以采纳。要进行此项交涉，需要李仙得提供情报；如果诉诸战争，则更需要利用其军事经验及对台湾港口道路的熟悉。副岛于是多次表示希望李仙得留下为日本政府服务。李仙得起初不肯，后经德朗一再劝说，终于同意。
十月二十一日（11月21日），副岛随同日本太政大臣三条实美谒见天皇氏。天皇决定不顾任何反对实施此项计划。当晚，副岛在其寓所接见德朗、李仙得，并介绍他们与日本舰队首领会晤。副岛表示，日本政府将任命李仙得为助理公使，随日使赴中国谈判；若成功，则由李负责日本驻华使馆馆务；若谈判破裂，则派李为征台军将领；若日军占领台湾并继续统治，即以李为总督；并答应付给李仙得每年一万两千银元的高薪，标准完全比照美国驻日公使。十一月十八日（12月18日），副岛正式照会德朗，申述前议，略有不同的是拟授李仙得“钦加二等官衔”，年薪确定为一万两千元，要求德朗代为转达。“重赏之下必有勇夫”，十一月二十八日（12月28日），李仙得接奉天皇氏敕命，受任为日本外务省二等官，两天后正式觐见天皇，表示效忠。此后，李仙得果然陆续向日本政府提交了几十件备忘录及许多意见书，积极为日本攻取台湾出谋划策。
借换约及觐见之机套取征台“口实”
日本虽然从李仙得处获得不少情报，但对清政府的态度尚不了解，于是接受李仙得等人的建议，以互换条约并祝贺爱新觉罗·载淳亲政为名，派遣副岛种臣为特命全权大臣赴中国，刺探清政府的态度，寻找出兵台湾的“口实”。
同治十二年二月十三日（1873年3月11日），副岛种臣偕副使柳原前光、翻译官郑永宁由横滨市启程来华，李仙得作为顾问随行。代表团一行于三月二十四日（4月20日）抵达天津市，会晤李鸿章完成换约手续。四月十一日（5月7日）抵达北京，与相关官员接触，于六月五日（6月29日）觐见同治皇帝。
虽然此行的主要目的是台湾问题，但为避免引起西方列强猜疑及中国戒备，副岛在正式外交谈判中绝口不谈台湾事件，不送照会，不亲自交涉，而是在行程即将结束之际，于五月二十七日（6月21日）匆匆派副使柳原前光与郑永宁会见总理各国事务衙门建筑遗存大臣毛昶熙和董恂。他们先旁敲侧击询问澳门地位及朝鲜独立程度，最后才提到台湾原住民杀害琉球人的话题。中方官员答称：杀害琉球王国民之事有所听闻，但杀害贵国之人则未听说。琉球是我国藩属，当时已对幸存者妥为救护并送还。柳原又问：贵国既已救护琉人，为何不惩治台湾番民？中方官员答：台湾番民有生、熟两种。从前服从王化者为熟番，设府县治理；未服王化者为生番，故且置之化外，不便深入追究。并称之所以未加穷究，是因为“政教所不及”。但同时表示有闽浙总督救护琉人的奏报，待查阅后再作答复。柳原知道中方不可能在书面材料中有漏洞，便以副岛大使急于回国为由，表示不想等待答复，中方官员也未与之深论。
日方借由这次非正式接触，将中国官员关于“政教所不及”的答话，解释为清政府承认台湾番地为中国管辖不及之地。就在会谈当晚，副岛即向日本政府报告，称已从总理各国事务衙门建筑遗存获得想要的答复，任务圆满完成。目的既已达到，副岛一行遂于六月九日（7月3日）离开北京返回日本。
就在副岛出使中国期间，台湾附近又发生一起船难。日本小田县备中州人佐藤利八等四人驾船运货，回程时在纪淡海峡遇大风，于同治十二年二月十日漂至台湾东海岸卑南乡马武窟，船碎登岸，遇土著围聚，幸得卑南番目陈安生救护，居住三月余，后被送至旗后、郡城，于六月十二日乘船至福州市。官府给予衣食零钱，倍加优待，最后于六月二十六日（7月20日）护送至上海市交日本领事送回。日本方面曾来函致谢。但后来日本出兵时，竟诬称其难民遭“生番”劫掠，作为侵台的另一借口。
派员到中国侦察，测绘学地形，收集情报
早在同治十一年，桦山资纪赶赴东京游说时，就向陆军省提交了《探险台湾生番意见书》。作为侵台准备的重要环节，日本先后秘密派遣桦山资纪、黑冈勇之丞、福岛九成、兒玉利国、田中纲常、成富清风等人潜入台湾，在南北各地旅行，调查地理、风土、民情，收集情报，“各复命所见，献替征台之画策（良）多”。
例如，同治十二年四月间，留华学生黑冈勇之丞由上海市赴淡水区，经陆路侦察台湾南部地区，于五月底返回北京。福岛县九成伪装成画家游历台湾，在车城与当地总理林明国、生员廖周贞会谈，询问此地是土著自垦自领，还是属台湾府管辖并缴纳赋税。当得知是“自垦自领之地，完全与官府无关系”后，他做了详细记录，后来这份记录被用作证明台湾番地为中国辖外之地的资料。同年四月，副岛种臣命令在香港特别行政区留学的水野遵到台湾探查。由于南部已有黑冈与福岛的调查，水野遵主要调查北部大科崁番地，于同月底离台赴京报告。
此外，在李仙得提交第一号备忘录后，日本内阁于1872年11月决定派遣桦山资纪前往台湾探查。第二年，桦山资纪和水野遵、成富清风、兒玉利国等人于七月初一日（8月23日）经福州市抵达淡水，邀请精通台湾番情的英国领事馆官员倍得逊会商研究。桦山等人此行的目的除了调查台湾东部番地，还要接应与副岛种臣约定的十月末可能实施的征台计划。
桦山于七月十四日（9月5日）由淡水出发，租用墨西哥籍人彼得之帆船，携带银、盐、布等物，经噶玛兰、苏澳至南澳岛地区展开活动。后又利用平埔熟番为向导，登陆花莲县，企图占据奇莱平原。桦山在调查过程中，将台湾地形、地貌、社会背景及自己的感想详细记录在随身手册上，这就是后来研究“牡丹社事件”的重要资料《桦山日记》。八月二十五日（10月16日），桦山等人自南澳回到淡水，但未得到东京方面消息，于是将情报交由兒玉、成富二人带回，自己再往台湾府、打狗等地继续探查，于十月二十一日（12月10日）由打狗赴香港，结束了首次侦察。
同治十三年日本侵台军队出发前，桦山再次奉命赴台侦察。他于正月二十一日（3月9日）持游历执照从打狗上岸，从正月二十七日（3月15日）开始至三月初七日（4月22日），与水野遵一道探查台湾南部恒春半岛番地。其间，二人于二月初七日由旗后到枋寮，声称要至柴城一带查看牡丹社、龟仔角等处山势地形。因风大延误两日后，于初十日乘小舟进抵琅峤，在柴城社寮地方停留四天，又至大绣房查看龟仔角山势，往返两天，共六日，绘有龟仔角山及沿海地图一幅。牡丹社因高山阻隔未能看见，故未绘图。水野遵还带有李仙得上年所绘旧图一幅，沿途查对。
桦山与水野二人探查完南部后，又从西海岸北上至淡水。桦山在转往鸡笼（基隆市）候风时，恰遇日本攻台军舰“日进”号（舰上有谷干城、赤松则良），得悉日军已发动征台之役。该船因风浪过大突然出港，桦山未及登船，只得从陆路南行，于四月初四日（5月19日）到达打狗。水野亦于次日从水路到达，两人在打狗会合，随后一起加入了日军对台湾南部番地的所谓“征讨”行动。
日本侵台军事行动之实施
副岛种臣结束访华任务返回东京后，继续积极鼓吹出兵台湾。与此同时，自明治维新以来，日本与朝鲜之间持续了五六年的矛盾与争执不仅未能解决，反而愈演愈烈，日本国内“征韩论”一度高涨。然而，1873年9月，赴欧美考察近两年的“岩仓考察团”回国。在由考察团主导的“内治派”与以留守内阁成员为主的“征韩派”的激烈辩论中，“征韩派”失败，其主要人物西乡隆盛、副岛种臣、后藤象二郎、板垣退助、江藤新平等内阁成员相继辞职离去。
“内治派”获胜后，开始推动内部改革。1873年11月10日，日本设立内务省，由大久保利通出任内务卿，推行殖产兴业政策。尽管国内政局发生变化，但日本政府并未放弃侵略台湾的企图，各项出兵的准备工作一直在秘密进行，以避开外国公使的耳目，防止列强干涉。失势的“征韩派”对政局不满，甚至发生了企图暗杀岩仓具视的事件，随后又爆发了佐贺之乱。在平定叛乱后，日本政府决定将准备已久的侵台计划付诸实施，以转移内部危机。
1874年1月26日，大久保利通和大隈重信被任命为台湾朝鲜问题调查委员。在与兒玉利国及李仙得等人会谈后，两人在2月6日的内阁会议上联署提出了《台湾藩地处分要略》。
该《要略》第一条将台湾原住民居住地视为“无主之地”，为日本出兵“讨伐”提供借口，其目的在于将“番地”变为殖民地。第二、三条是外交策略，主张琉球王国属于日本，若中国提出琉球“两属”之说则不予理会，待处置台湾后，再禁止琉球向中国朝贡。第五、六条指派福岛九成出任厦门市领事，命其与台湾官员保持友好关系，并将领事事务与军事行动分开以避嫌。第八、九条是关于军事行动前的侦察要领，派遣福岛九成、成富清风、兒玉利国等人赴台，进入“熟番”部落进行侦察。
同日，内阁会议正式做出了进攻台湾的决定。4月4日，日本政府设立“台湾蕃地事务局”，由大藏卿大隈重信担任长官；李仙得被任命为外务省二等出仕；中将西乡从道出任台湾蕃地事务都督，陆军少将谷干城与海军少将赤松则良为参军，陆军中校佐久间佐马太与陆军少校福岛九成为参谋。同时，任命柳原前光为驻华全权公使，着重办理日军征台的相关交涉。此外，根据李仙得的推荐，日本高薪雇用了美国海军少校克沙勒和美国陆军中尉瓦生，分别负责军事策划和指导修筑防御工事。
侵台部队以熊本镇台军（熊本地区的政府正规军）为主体，并在鹿儿岛征募兵员，总计3600余人。大久保利通还委托大仓喜八郎组建大仓组商会，负责军需运输。同时，日本租借了英国商船“约克夏”号和美国商船“纽约”号来运送兵员和物资，以弥补本国船只的不足。
4月9日，西乡从道率领“日进”号、“孟春”号等军舰从东京湾的品川港出发，前往长崎市。日本出兵台湾的行动引起了列强驻日公使的密切关注。鉴于英国在台湾各口岸拥有重大商业利益，英国驻日公使斯密斯·巴夏礼于4月9日、13日和16日连续三次照会日本外务卿寺岛宗则，质询日本派兵前往台湾的具体地点和目的，对日本出兵的合法性提出质疑，并于13日宣布中立，同时撤回了受雇参与日本侵台行动的英国公民和船只。随后，俄罗斯、意大利、西班牙等国也纷纷对日本出兵提出质疑并宣布中立。
美国新任驻日公使平翰起初对有关美国人员和船只加入日军的传闻反应迟缓。4月17日，《日本每日前锋报》批评平翰不仅未严守中立，反而默许美国船只被日本雇用。平翰于是在次日照会寺岛宗则，质询传闻是否属实，并抗议日本雇用美国人员和船只从事军事行动。同日，《星期邮报》再次抨击美国公使，最终促使平翰向日本表明中立立场，并禁止美国人员和船只参与征台行动。
除了列强的干预，日本国内如文部卿木户孝允等人也反对出兵，并于4月14日提出辞职以示抗议。日本政府的信心有所动摇，一度打算中止行动。4月19日，太政大臣三条实美派权少内史金井之恭前往长崎市，通知大隈重信暂停征台。但西乡从道以“陆海军士气高昂，难以遏制”为借口，拒绝接受命令，悍然派“有功丸”搭载首任驻厦门市领事兼参谋福岛九成、克沙勒、瓦生、记者爱德华·豪士（李仙得秘书）以及200多名先头部队士兵，携带西乡从道致闽浙总督李鹤年的《日军征台之通知书》，于4月27日连夜起航驶往厦门。李仙得则因顾虑各方反对，放弃了随军出发的计划，返回东京。5月2日，日军将领谷干城、赤松则良也率兵搭乘“日进”号、“孟春”号及运输船“三邦丸”、“明光丸”等组成的船队从长崎市出发。
5月3日，“有功丸”进入厦门港。日本原先雇聘的、熟悉台湾南部且能说多种部落方言的英籍医师万松，已接到英国驻华公使的警告而离开厦门市回国。福岛九成向厦门同知李钟霖递交了西乡从道的照会，声称此次统兵深入“番地”的目的是对两年前杀害琉球王国遭风船民的“土番”进行“招酋开导，顽凶示惩”，并要求中国方面晓谕台湾府县及沿海口市岸的中外商民，不得冒犯日军。随后，“有功丸”不等闽浙总督回复，便匆匆驶离厦门，前往台湾。
1874年5月7日（同治十三年三月二十二日），日军先头部队乘坐的“有功丸”抵达台湾琅峤湾，次日士兵登陆上岸。5月9日，谷干城、赤松则良率领千余名士兵乘坐“日进”号、“孟春”号及“三邦丸”、“明光丸”两艘运输船也相继抵达琅峤。
日军采用李仙得的计划，先安抚琅峤地区的居民，使牡丹社、高士佛社陷于孤立，再以军队攻讨。5月15日，日军派遣赤松则良、克沙勒、瓦生、豪士及华裔美籍通译詹汉生入山与部落头目接触。当时的老头目卓杞笃已去世，由射麻里社的头目一色和老卓杞笃的幼子小卓杞笃出面会谈。日方借助李仙得的名义与头目建立了联系，并通过试放洋枪展示武力，与头目达成了某种协议。然而，琅峤居民对日军仍抱有戒心和敌意。5月18日，日军侦察部队在双溪口、四重溪一带巡逻时，脱队的五六名士兵遭到埋伏在灌木丛中的原住民袭击，班长北川直征被斩首。同时，“日进”号军舰在东部海岸探测水域时也遭到龟仔角社战士的开火射击。
5月20日，侦察部队在三重溪遭到牡丹社原住民伏击，两名日军重伤，一名原住民被杀。5月21日，另有日军侦察部队在保力山石门洞巡逻时，遭牡丹社人开枪袭击，六名日军被击毙。佐久间佐马太率大队日军赶往四重溪增援，双方在石门展开激战。石门地势险要，两侧是高耸的悬崖，牡丹社人占据有利地形射击。日军分兵从山后攀爬至崖顶，与下方部队前后夹击。牡丹社人不敌，撤入内山。此役牡丹社包括酋长阿禄父子在内12人战死，日军则有14人死亡。就在石门激战之时，日本侵台军总司令西乡从道和参谋幕僚乘坐“高砂丸”抵达寮港，另有船舶运来1900余名增援部队和500名大仓组工匠。
1874年6月2日（四月十八日），日军根据军事会议决定，分三路对牡丹社发动总攻。左路由谷干城指挥，桦山资纪辅助，水野遵为通译，从枫港迂回进攻；中路由石门进攻，由佐久间佐马太指挥，西乡从道偕同克沙勒等人督战；右路由竹社口进攻，由赤松则良指挥。三路总兵力1300余人，并配有多门火炮，声势浩大。6月3日，日军攻占牡丹社，但社内原住民已提前撤离，日军遂放火焚毁社屋。因安全和交通问题，日军随后撤出牡丹社，在双溪口设置分营，展开诱降行动。7月1日（五月十八日），周劳束酋长率领牡丹社、东乃社、高士佛社等六社酋长，通过中间人林阿九等人，在保力庄杨天府的家中与日军议和。
日军解决牡丹社后，在枫港增驻一营兵力，在周劳束海岸派小队把守入口，并在龟山等地修建营房，设立“都督府”。此后，日军陆续从日本运来铁器、农具及果树苗木等，实行屯田植树，企图长期占据。
中国方面的反应与对策
中国政府始终认为琉球是中国的藩属，台湾更是中国领土，琉球船民遇害一事应由中国自行处理，与日本无关。因此，清政府完全没有预料到日本会以此作为侵略台湾的借口，并未做任何防备。
同治十三年二月初十日至十七日（1874年3月下旬），水野遵与桦山资纪两人持游历执照，乘船进入台湾琅峤地区进行勘探侦察。他们随身带有李仙得先前绘制的该地区旧地图，沿途核对，并测绘学龟仔角山及沿海一带地图。当地驻守的中国官员枋寮巡检王懋功、千总郭占鳌对日本人的间谍行为不仅未加阻止，还在二月初九日（3月26日）两人到访时，因见王懋功扇子上画有琅峤一带地图，桦山便请水野遵向其借扇临摹。毫无敌情观念的王懋功竟然答应将扇子借出。
二月二十九日（4月15日），台湾道夏献纶接到台湾口税务司爱格尔来函，告知从香港特别行政区报纸看到消息，称日本兵部奉其国主之命，预备兵船并调集一万五千名士兵要来台湾打仗。当时，台湾镇、道官员正忙于剿办彰化廖有富一案，各营兵力多调往彰化，因此对日军侵台的消息感到非常意外。他们表示：“查上年日本人利八等四名在台湾南山后遭风，经我们救护并送回上海市交其领事官，对方曾寄送礼物酬谢。又上年四月间，琉球人林廷芳等九人在琅峤遭风，亦经救护送回，彼此毫无异议。现在为何忽然有调派兵船来台的举动？”他们将此事与前一年关于日本欲为琉球王国人被杀而征讨牡丹社的“谣传”联系起来，认为“倘仍如上年之谣传，自可毋庸置议”。夏献纶甚至说“牡丹社系属番社，彼如自往剿办，在我势难禁止”，仍未对日军侵台采取任何有效的防范措施。
清廷最早是从英国方面得知日本派兵侵台消息的。同治十三年三月初三日（4月16日），总理各国事务衙门建筑遗存接到英国驻华公使威妥玛的信函，称据英国驻日公使电报，日本运兵赴台湾沿海迤东地方，意在对付“生番”；并询问“生番”居住之地是否隶属中国版图，以及日本兴师是否曾与中国商议。总理衙门回复称，上年日本使臣驻京时，从未提及派兵赴台湾“生番”地方之事，日本因何兴师也未正式通知。并明确指出台湾“生番”地方隶属中国版图，且中国类似地方不一而足，未能强绳以法律。此后，总理衙门又于初四、初五日陆续接到英国文言文正使梅辉立、法国翻译官德微里亚、总税务司罗伯特·赫德、西班牙使臣丁美霞等人询问，均涉及日本派兵赴台之事。
在得到总理各国事务衙门建筑遗存的答复后，列强很快宣布采取局外中立的立场。但中国政府对于如何应对日本的举动却反应迟缓，既未向日本提出正式质问，也未曾考虑以抗议阻止其侵略行为。后来，李鸿章、李宗羲从江海关沈秉成转送的长崎市电报中获知另一消息，称日本因“生番”事件派人查问，且上海市已有八名日本随员等候其使臣。这一说法与各国公使及赫德所述不同。
李鸿章及总理衙门对情况进行了分析，得出几点看法：首先，按照国际惯例，各国兴兵前必先发文知会起衅缘由，或在不被理会后方才动武。日本刚与中国换约、觐见皇帝，关系如常，台湾“生番”一事并未先行商议，岂能突然用兵？即使用兵，又怎能无一语知照？这是从情理上怀疑其真实性。其次，日本内乱刚平，国力尚不足以远征。即便要用武，也应先对高丽（朝鲜）下手。此前江藤新平请求讨伐高丽尚且未被允许而作乱，日本岂会舍弃积怨弱小之高丽，而先谋难于教化的“生番”？即便想图谋台湾，若中国全力争夺，日本未必能操胜券，反而会自启战端、失道失和。这是从形势上判断其可能性不大。再次，近年来日本新闻多变，诈伪多端，且与英国公使斯密斯·巴夏礼关系密切，可能虚张声势，故作疑兵，因此信息未必可信。总之，中国方面从情理上判断，日本不宣而战出兵侵台的可能性不大，故准备等日本驻华公使柳原前光到达后，再相机辩论。
不过，总理各国事务衙门建筑遗存也认识到，“各国垂涎台湾已久，日本兵政日益强大，尤其是中国在沿海最近的潜在威胁，冲突恐怕迟早难免”，并提出了“勿恃其不来，恃吾有以备之”的防范思想。
中国方面最先对日本出兵台湾做出反应、并要求其退兵的是闽浙总督李鹤年。他于三月二十三日（5月8日）接到由厦门同知转交的西乡从道照会后，于二十六日（5月11日）复照，严正指出：“台湾全地久隶我国版图，虽土著有生、熟番之别，但同为食毛践土已二百余年，犹如粤楚云贵边界的瑶、僮、苗、黎等族，皆属中国自古以来的荒服羁縻之地。生番虽散处深山，未通文教，政令或有不及，但既居我疆土之内，总属我管辖之人。”他援引万国公法，强调“台湾为中国疆土，生番定归中国隶属，当以中国法律管辖，不得听凭别国越俎代谋”，指出日本政府“未与总理各国事务衙门建筑遗存商议，径行命将统兵前往，既违背万国公法，亦与同治十年所换和约条款不合”。他还声明，“琉球岛即我属国中山国疆土”，此事应由中国自办，要求日本中将撤兵回国，以符条约而固邦交。然而，乘坐“有功丸”的日军先头部队根本不等候李鹤年的复照便已驶往台湾。李鹤年于是将这份照复送到台湾府，命其派员赴恒春古城与日军理论，同时向朝廷奏报，并严令台湾镇、道官员“按约理论，相机筹设，不可自我启衅，亦不可苟安示弱”。
李鸿章经过连日与英、德、美等国驻华人员会晤，证实各国所接电报属实，日本确有图攻台湾“生番”的计划，且美国人李仙得（李让礼）带领陆军、雇美国军官带领兵船参与其中。他于三月二十五日（5月10日）致函总理各国事务衙门建筑遗存，提出应对办法：其一，根据掌握情报，与美国公使辩论，要求其遵照国际法撤回李仙得，并严禁商船受雇装载日兵，以迫使日本放弃侵台。其二，鉴于台湾海防陆汛力量不足，建议另调得力陆军数千人，用轮船载往凤山、恒春古城附近择要屯扎，作为先发制人之计。若日本兵擅自登岸，则一面据理交涉，一面整军以待，使其无机可乘。同时，他推荐熟悉情况且管辖新造兵轮船的船政大臣沈葆桢，作为专办日军侵台事件的负责人。
李鸿章的建议迅速被清廷采纳。三月二十六日（5月11日），总理各国事务衙门建筑遗存正式照会日本外务省，提出抗议并要求解释。照会中申明台湾是中国所属领土，生番地区虽未设郡县，但“均在版图之内”，并对日本未经商议即派兵之举表示质疑，要求日方澄清。三月二十九日（5月14日），清廷发布上谕，指出“生番地方本系中国辖境，岂容日本窥伺”，并命令沈葆桢带领轮船兵弁，以巡阅为名前往台湾生番一带察看，相机筹办。四月初六日（5月21日），清廷又恐沈葆桢事务繁重，增派福建布政使潘霨驰赴台湾协助。
上谕发布后，清廷陆续接到更多报告，证实日本兵船已驶入厦门市、台湾，并由恒春古城登岸，英国等列强亦调兵船巡查，形势日益严峻。考虑到沈葆桢若仅以“船政大臣”身份赴台，可能被日方以非外交事务官员为由置之不理，且调遣轮船官兵恐呼应不灵，清廷于四月十四日（5月29日）下诏，改授沈葆桢为钦差办理台湾等处海防兼理各国事务大臣，所有福建省镇道等官归其节制，并可调遣江苏、广东沿海轮船。命其速赴台湾，根据情况“或谕以情理，或示以兵威”，妥善处理，并令福建地方官员确保粮饷、官兵的调配接济，不得延误。
沈葆桢渡台加强防务
沈葆桢是一位有胆识、敢作为的政治家。接到朝廷命令后，他立即与福州将军费莫·文煜、闽浙总督李鹤年共同筹划台湾防务，并于同治十三年四月十九日联名上奏，提出了“防台四策”：
第一，联合外交。将历年外国船只遭遇风灾的相关案件摘要照会各国领事。同时，将日本不等中方回复就派兵入境、并与“生番”开战的情况，也分别照会各国，借助国际舆论来评判是非。如果日本顾忌公论而撤兵最好；否则，也能拖延时间，为加强战备争取机会。第二，储备先进武器。日本之所以敢贸然侵犯，是看到中国军备不足。中国必须加速军事现代化。建议将福建省省的存款优先用于军备，不足部分可暂借外债，用以购买铁甲舰、水雷、洋枪、巨炮等西洋武器，作为外交谈判的坚实后盾。第三，储备人才。沈葆桢除自己负责赴台事宜外，还奏请调派福建陆路提督罗大春、前任署理台湾道黎兆棠和吏部主事梁鸣谦等人随同东渡，以期集思广益。第四，畅通消息。台湾海峡风险为海疆之最。要保证消息灵通，绝不能没有电报线。他提议铺设从福州市陆路到厦门市、再从厦门水路到台湾的电报线路，使情报能瞬间传递。
五月初一，沈葆桢一行从马尾镇出发。潘霨乘坐“伏波”轮直航台湾，于次日抵达。沈葆桢与法籍军事顾问日意格、斯恭塞格等人则分乘“安澜”、“飞云”两船沿海岸航行，途经莆田市、泉州市，初三抵达澎湖勘察形势，初四到达安平，接见台湾地方官员，开始实地了解日军侵台情况及台湾防务。
经过仔细筹划，沈葆桢提出了“理论交涉”、“加强设防”及“开禁开发”三项措施。但“开禁”非一朝一夕能成，需待外患稍平才能逐步进行。因此，沈葆桢先从“理论交涉”和“加强设防”两方面入手。在“理论交涉”方面，沈葆桢首先派帮办、福建省布政使潘霨与日军的西乡从道交涉。潘霨此前途经上海市时已与日本公使柳原前光交涉，获得了柳原写给西乡“按兵不动，听候覆办”的文书。五月初八，潘霨偕台湾道夏献纶等人抵达恒春古城，递交了照会。沈葆桢在照会中声明：生番土地归属中国已二百余年，是中国内政，不应劳烦他国兴师动众，并对日本未经商议擅自出兵提出抗议。照会指出，日本烧毁牡丹社，并波及无辜，这与其自称的“惩戒”目的不符。照会最后表明了捍卫领土主权的决心。
五月九日至十三日，潘霨等人与西乡从道等进行了多次会谈。日方提出了三条要求：诛杀凶手、惩处抵抗者、订立永不劫杀之约。在第一次会谈中，西乡一味推诿，声称交涉事宜应由柳原公使负责，自己只是奉命带兵。潘霨追问日军处理完牡丹社后是否撤兵，西乡称需等候政府命令。
潘霨、夏献纶随后派人进入番社，召集生番头目，共有十五社头目前来，都呈交了不再劫杀的保证书，并请求设立官府管理，永归中国管辖。然而，当潘、夏约定与西乡会面时，西乡托病不见。后来双方再次交涉，就番地主权归属展开激烈辩论。潘霨指出牡丹社实属中国版图，地方志书有载，并每年缴纳饷银为证。西乡辩称生番非中国所管，并称中外书籍均有此说，但当潘霨要求出示证据时，他却无法拿出。
潘霨最后就日方三条提出处理办法：由中国令牡丹番谢罪并交出被害人尸身；目前各社并无抵抗之事；各社已出具永不劫杀的保证。西乡起初表示此事中国不必过问，在潘霨严词反驳后，他又转而提出日本此次出兵耗费巨大，要求中方贴补军费。潘霨断然拒绝，指出日本擅自兴兵，中国绝无贴补之理，并要求日军停止行动并知会其政府不再增兵。西乡应允。在“设防”方面，沈葆桢认为万不容缓。他计划在安平修筑西式炮台，安放巨炮，确保海口安全。同时，他发现从内地调来的绿营“班兵”不堪用，便决定裁汰老弱，用节省的军饷招募本地精壮补充。
南路迫近日军，由台湾镇总兵张其光负责，计划增募兵勇。北路淡水、噶玛兰、鸡笼一带物产丰富，战略位置重要。据报已有日人在此活动，企图利诱番民。沈葆桢决定由台湾道夏献纶负责北路防务，并派陆路提督罗大春驻守。日军虽驻扎龟山、枫港等处，仍不时骚扰附近村庄。五月二十八日，日兵在柴城调戏民妇并杀伤其族人，中方抗议，日军置之不理。沈葆桢决定加强南部防卫，并派员招抚卑南番社，同时计划开通后山道路以利联系。北路方面，夏献纶发现日军多用利诱手段，招抚较难。为防日军借故生事，沈葆桢派人彻查了日人报告的所谓“失银事件”，结果证实纯属虚构，便据此向日本提出抗议。
经过夏献纶努力，北路团练和开山工程逐步展开。福建陆路提督罗大春随后抵达苏澳，接替夏献纶继续北路工作。在北洋水师部署方面，沈葆桢调配多艘兵船驻防澎湖、台北市、厦门市、福州等地，并奏请重启福州船厂赶造船只。台湾防务费用巨大，沈葆桢奏准截留台湾本地税收作为军费，不足部分由省城拨济。李鸿章、李鹤年也从北方运来火炮、发射药和银两支援。经过观察，沈葆桢认识到日军有久占之意，必须进一步增强战备。他奏请从北洋政府、南洋调拨洋枪队，但李鸿章认为零星抽调不妥，建议调派驻扎徐州市、训练有素的准军武毅铭字军十三营赴台。此建议被清廷采纳。
七月十六日，准军统领唐定奎率第一批部队抵达台湾凤山，军心大振。后续部队及广东招募的勇丁也相继到达。一时兵力大增，沈葆桢以此为基础，在南北两路大力推进“开山抚番”，对日军形成了强大压力与威慑。
事件结果
中在日本出兵台湾的同时，日本政府任命柳原前光为驻华全权公使，除履行常规外交职责外，还专门负责处理与台湾事件相关的交涉。柳原前光于1874年5月抵达上海市，在与当地中国官员初步接触时，双方围绕台湾“番地”是否为中国领土、日本出兵是否正当等问题展开了激烈辩论，但未能取得进展。
此后，柳原前光北上，先后在天津市与李鸿章、在北京与总理各国事务衙门建筑遗存大臣进行多次谈判。日方坚持声称台湾“生番”居住地为“无主之地”，日本出兵是“保民义举”。中方则严正驳斥，明确指出台湾全境（包括生番地区）自古以来即为中国领土，日本未经中国同意擅自出兵是侵犯中国主权的行为，要求日军立即撤出。
由于双方立场尖锐对立，谈判一度陷入僵局。日本政府见直接施压未能奏效，且考虑到军事行动消耗巨大、士兵患病较多，以及中国已加强战备和国际舆论的压力，遂改派内务卿大久保利通为全权大臣，接替柳原前光进行谈判。
大久保利通到京后，谈判焦点从“番地”主权之争，逐渐转向如何寻求“两便办法”使事件了结。日方最终提出，如果中国愿意支付款项，日军便可撤兵。中方为避免事态扩大和战争风险，在英国公使威妥玛的“调停”下，最终做出让步。
1874年10月31日，中日双方在北京签订了《中日北京专条》（又称《中日台湾事件专条》）。该条约的核心内容包括：
1.日本称此次出兵台湾是“保民义举”，中国对此“不指以为不是”。这里的“民”指琉球船民，日本借此在条约中隐含了琉球属于日本的意向。
2.中国对“遇害难民之家”给予抚恤银十万两。
3.中国愿留用日本在台湾修建的道路、房屋等，为此“准给费”银四十万两。
4.双方约定，所有日军于1874年12月20日全部从台湾撤退。
条约签订后，清政府如期支付了共五十万两白银。日军随后从台湾龟山等地撤离，历时近一年的“牡丹社事件”至此结束。这一事件暴露了清政府在东南海防上的薄弱，并成为日本后来兼并琉球的一个重要借口。
事件影响
日本图谋侵占台湾，由来已久。1874年的"牡丹社"事件，是日本将侵台图谋付诸行动的第一次尝试。在此次日本侵台事件中，美国原驻厦门市领事李仙得等人为虎作伥，充当帮凶，起了重要作用。由于中国方面在军事上加强防备以及在外交谈判中据理力争，日本侵占台湾的图谋最终未能得逞。
日本窥伺台湾一地，其实远早于西欧列强，由明代倭寇滋扰中国东南海疆即开其端倪。同治十三年（1874年），日本以牡丹社事件为借口，公然出兵攻打台湾牡丹、高士佛等社，严重侵犯中国领土主权，此乃其酝酿有时的南进政策的一次大胆冒险尝试。牡丹社事件作为明治维新之后日本向外侵略扩张的首次真刀实枪的预演，对日本近代历史意义深远，如吕万和所言：“1874年的侵台战争规模不大，却为此后日本军国主义的对外侵略扩张和军事冒险主义提供了原型。”
“牡丹社事件”是日本为入侵台湾而蓄意制造的一起政治事件。为了证明其侵略的“合法性”，日本政府散布说他们攻占的“土番”（台湾土著居民）地区乃是“无主之地”，不在中国主权管辖之下，即所谓“生番不服教化，地非中国所属”。对此分裂中国的谬论，清朝政府据理驳斥，严正声明：台湾从来就在中国版图之内，“虽生番散处深山，文教或有未通，政教偶有未及，但居我疆土之内，总属我管辖之人，其地土实系中国所属。合台郡之生番，无一社不归中国者”。“牡丹社事件”虽最终以清政府的妥协而解决，但它再一次的证明了一个事实，即台湾的主权属于中国。
“牡丹社事件”.中共深圳市委台湾工作办公室.2025-12-19